La Empresa adelanta desde el inicio del llenado del embalse un plan de monitoreo de la calidad del agua, encaminado a garantizar las condiciones biológicas y fisicoquímicas existentes en el embalse, el río Sinú y las ciénagas de Lorica y Betancí en el Departamento de Córdoba, de acuerdo con los requerimientos de la Licencia Ambiental. En el 2010 se continúa el monitoreo en el embalse en los siguientes tres sitios: cerca a la Presa, Zona Media y en la Confluencia de los ríos Sinú y Verde. Así mismo, en el Río Sinú se monitorea en siete  puntos entre el sitio de Presa y Montería (Angostura de Urrá, Pasacaballos, El Toro, Tierralta, Las Palomas, Nueva Colombia y Montería), y en los caños de conexión con las ciénagas de Betancí, Lorica y el estuario. Los resultados de los monitoreos han establecido que la calidad de agua en el embalse se ha estabilizado rápidamente, lo que permite el normal y adecuado desarrollo de los recursos hidrobiológicos, y en el río ésta es muy similar a la encontrada antes de la construcción de la hidroeléctrica, permitiendo su utilización para todos los usos, con niveles de oxígeno por encima de los 5.0 mg/l y valores de DBO5 menores a 3.0 mg/l.