La Empresa adelanta desde el inicio del llenado del embalse un plan de monitoreo de la calidad del agua, encaminado a garantizar las condiciones biológicas y fisicoquímicas existentes en el embalse, el río Sinú y las ciénagas de Lorica y Betancí en el Departamento de Córdoba, de acuerdo con los requerimientos de la Licencia Ambiental. En el 2012 se continúa el monitoreo en el embalse en los tres sitios siguientes: cerca a la presa, zona media y en la confluencia de los ríos Sinú y Verde. Así mismo, en el río Sinú se monitorea en siete  puntos entre el sitio de Presa y Montería (Angostura de URRÁ, Pasacaballos, El Toro, Tierralta, Las Palomas, Nueva Colombia y Montería), y en los caños de conexión con las ciénagas de Betancí, Lorica y el estuario. Los resultados de los monitoreos han establecido que la calidad del agua en el embalse se ha estabilizado rápidamente, lo que permite el normal y adecuado desarrollo de los recursos hidrobiológicos. En el río la calidad del agua se presenta similar a la encontrada antes de la construcción de la hidroeléctrica, permitiendo su utilización para todos los usos, con niveles de oxígeno por encima de los 4.0 mg/l y valores de DBO5 menores a 3.0 mg/l, lo que permite cumplir con los requerimientos establecidos al respecto en la Licencia Ambiental.